Mai napig nagyon elterjedt az a nézet, hogy az Agouti a legáltalánosabb módosító gén, mely a fekete alapszínből pej színt hoz létre. Valójában azonban az Agoutit nem tekinthetjük módosító génnek, hanem ugyanolyan alap színgén, mint az Extension. Sőt, ha teljesen korrektek akarunk lenni, az Agouti önmagában nem is egy gén, hanem egy lókusz (gén adott helye a DNS-en) konkrét elnevezése (ASIP), s ezen a génhelyen kétféle változat fordulhat elő: a domináns A allél képes létrehozni a pej színt domináns E (Extension) gén mellett, míg a recesszív változat szintén domináns E mellett fekete lovat eredményez (egyszerűség kedvéért, a továbbiakban génként hivatkozok rá).

Amiért nem tekintjük módosítógénnek, annak egyrészt az az oka, hogy kutatások szerint a legősibb alapszín eleve a pej (még inkább a pejfakó – bay dun) volt; másrészt (ebből is következik, hogy) minden ló rendelkezik az Agouti valamely alléljaival (AA, Aa, aa).

Azért fontos kiemelni minduntalan, hogy a domináns Agouti csak domináns Extension-gén mellett működik, mert a vörös és fekete pigmentek eloszlását koordinálja, a kétféle pigment jelenlétének kulcsa pedig a domináns E-gén. Amennyiben a ló csak recesszív Extension géneket hordoz (ee), a lovon csak vörös pigmentek jelennek meg, így hiába van jelen működőképes Agouti, ha nincs fekete pigment, aminek az eloszlását szabályozná (sárga lovaknál ezért mindegy, hogy milyen agouti allélt hordoz – és pontosan ezért nem is tudjuk szemre megmondani).

Hatásmechanizusa tehát: a fekete pigmenteket a “szélekre” szorítja vissza (lábvégek, hosszúszőrök, fülkagyló hegye – ezeket együttesen black points-nak hívjuk), így a test többi részén a vörös pigmenteket találjuk: a test különböző részein lévő pigmentsejtek tehát különböző pigmentet termelnek (fekete eumelanint vagy vörös pheomelanint).

A magyar nevezéktan megkülönbözteti a zöldlábú pejeket a többi pejtől; bár jómagam sokáig a vadpej szinonímájaként értelmeztem, úgy tűnik, hogy a zöldlábú pej elnevezés a teljesen vörös lábú, fekete hosszúszőrű lovakra értelmezendő. A genetikai háttér értelmében és a fentebb említett gének hatásmechanizmusa miatt teljesen vörös lábú pej nem létezik: minden pej, még a legvilágosabb-legextrémebb vadpej is hordoz valamennyi fekete pigmentet a lábvégeken, még ha minimálisan és max csüdig is terjed. A vörös lábú lovak valójában sárgák, így nincsenek fekete pigmentjeik, sötét hosszúszőreik valójában extrémen sötétvörösek. Bővebb leírás itt.

Néhány évvel ezelőtt volt arra kísérlet, hogy a domináns Agouti génváltozatnak további alléljait detektálják, és genetikai színtesztekkel bizonyítsák a jelenlétüket, valamint megpróbálták leírni ezeknek az alléloknak az öröklésmenetét, és az egymással szembeni dominancia-viszonyt is. Ezek a tesztek azonban egyáltalán nem hoztak megbízható és valós eredményt, így ezeket az elméleteket már cáfolták.

A fentebbi elmélet azt mondta ki, hogy a A allél felelős a klasszikus pej (Classic bay), az A+ a vadpej, az At pedig a sötétpej színért, azonban a tesztek sorra valótlan és megbízhatatlan eredményeket hoztak ki, az árnyalatok öröklésmenetére pedig semmilyen tövényszerűséget nem tudtak leírni, így azóta az elméletet megcáfolták, a pej lovak esetében továbbra is csak domináns A allélról beszélünk, további variánsok nélkül.

Mindegyik árnyalat mögött ugyanaz a genotípus áll, mint az összes pej ló esetében: domináns E és domináns A allél. A homozigóták és heterozigóták között nincs szemmel láható különbség. Az árnyalatok kialakulására még nincsenek elfogadott bizonyítékok, csak feltételezések vannak: valamilyen szinten talán kódolva van a génekben, a környezeti hatásoknak azonban szintén szerepe lehet; némely kutatások azt igyekeztek kimutatni, hogy embrionális korban a méhben a különböző környezeti faktorok mennyire befolyásolhatják az árnyalatok kialakulását, de ezekről még nem született eredmény.. Az árnyalatok mögött minden bizonnyal a pigmentek mennyisége lehet felelős, de ezek mellett még számos olyan dolog is, melyet tudományosan még nem tudunk jellemezni. Egyelőre lehetetlennek is tűnik a feladat, ugyanis az árnyalatok öröklésmenetében olyannyira nincs szabályszerűség, hogy testvér lovak között is számtalan árnyalat fordul elő ugyanazon alapszín esetében is.